Emden liegt am Nordufer des Dollart, einer großen Bucht, in die von Osten die Ems einmündet, ehe sie über den Dollartmund und die Außenems in Richtung Nordsee fließt. Wobei spätestens im Dollart die Unterscheidung zwischen Fluß und Meer nicht mehr so eindeutig ist, weil sich Salz- und Süßwasser mischen.
Als der Dollart im 15. Jahrhundert entstand, weil das Meer eindringen konnte und die Sumpflandschaft vollständig überflutete, gingen eine ganze Reihe von Dörfern und drei Klöster unter. Heute verläuft irgendwo durch den Dollart die deutsch-niederländische Grenze. Irgendwo ist hier wirklich wörtlich zu nehmen, denn über den genauen Grenzverlauf konnten sich beide Staaten bisher nicht einigen.
Das Emder Hafengebiet beginnt am nördlichen Ufer des Dollart und zieht sich dann weit nach Norden bis in das Zentrum der Stadt (Ratsdelft). Daher herrscht hier zwischen der Ostmole, dem Emspier und dem Südkai auch reger Schiffsverkehr. Hier kommt zum Beispiel Finn, unter den Emder Stadtfarben fahrend.
Ansonsten legen hier auch die Fähren in Richtung Borkum ab. Kein schlechter Platz also zum Schiffegucken. Neben dem Außenhafen ist außerdem die Große Seeschleuse angelegt, die den Dollart mit dem Industriehafen verbindet.